1868年，由英國長老會第一位駐台灣宣教師馬雅各（Dr. James Laidlaw Maxwell MD）醫生創立的太平境教會，全名是太平境馬雅各紀念教會、也曾一度被喚作「亭仔腳禮拜堂」。教會鄰近湯德章紀念公園、原台南測候所正對面，為台灣最早的基督教長老會之一。
鮮為人知的是，馬雅各創辦的「教會」落腳台南市中西區公園路六號現址以前，曾經歷多次漂泊。
時間推回1865年，馬雅各從英國奉派到台灣傳教、選定了台灣府城作為英國長老教會在台灣傳教的中心。當時的他，先在府城大西門外租屋，並在看西街設立醫館為人看病、禮拜堂傳道。傳道事工的推展並不如教會所想——當時的府城對西方文化充滿敵意，馬雅各甚至被指控為「挖眼取心」的異教徒。不到一個月，便因為民風保守，馬雅各與助手被迫撤退到由英國領事保護的旗後地區傳道醫病，於焉有了現在的旗後教會。
馬雅各在旗後服務的時間裡，旗後教會逐漸發展成為南部宣教中心。然而，他似是仍心念著要回府城。3年後、1868年，旗後的禮拜堂宣教師李庥牧師夫婦負責；同年12月底，馬雅各回到府城，分別在二老口（現北門路博愛派出所附近）和亭仔腳（現青年路）重起爐灶地開設醫館和禮拜堂。
其中，亭仔腳禮拜堂便是今天太平境教會的前身。
後來的十多年，信徒日漸增加，原來的拜堂空間已不敷使用。到了1896年，教會購買亭仔腳禮拜堂旁邊的兩間厝，計畫擴建禮拜空間。然而，計畫再度不如預期——當時的日本殖民政府因都市規劃需要拓寬鄰近的清水町，使得教堂其中三分之一的土地被拆除。取而代之的是，日本殖民政府補償位於警察局旁邊的新用地給教會。
土地重新取得，加上教會執事與信徒的奉獻，終於籌措得新建禮拜堂的資金，於現址興建太平境馬雅各紀念教會。由於教會前有一條大溝，於是一開始被稱為「溝仔底拜堂」；「太平境」一名最早可溯源到台南「聯境組織」中的「太平境土地公廟」，土地廟前的路叫「太平境街」，同一條路上的溝仔底拜堂也因此又被稱做太平境街禮拜堂或太平境禮拜堂。「馬雅各紀念教會」則是英國母會贈送紀念碑碑名，紀念馬雅各與該教會在台灣宣教的貢獻。
1902年落成的太平境教會，到了1954年又歷經一次改建，才變成現在我們在公園路上看到的白色鐘塔。
第二代的太平境教會由當時台灣省立工學院（今國立成功大學）建築工程學系副教授彭佐治設計。彭教授所設計的教堂為一以現代主義建築手法來表達傳統哥德教堂意象：格局採用古羅馬巴西利卡的長方型建築形式；教堂主堂上方築有高達18公尺的鐘塔，塔身窗戶採細長五角型，並以十字架作為窗框的主軸，與三角的屋脊堆疊出層次，呼應著哥德式建築尖塔、尖拱、垂直性量體的特徵。
太平境教會的建築設計將鐘樓與尖塔合一、鐘置於建築最頂層，不同於普遍教會的鐘樓通常位於教堂正前方或側面，使得教堂進行禮拜時，鐘聲便會在上方悠然響起。值得一提的是，同樣位於湯德章紀念公園附近的消防局（今台南市消防史料館）「御大典紀念塔」跟太平境教會的鐘塔一樣有六層樓高。
教會的設計巧思，呼應著城市的建成空間紋理。
除了建築外觀的高聳尖塔外，隱身在尖塔背面、位於教堂二樓的管風琴，是台灣最早的兩台管風琴之一。該座管風琴的近2000隻音管由工匠手工打造而成，直到1960年代，被美國海軍軍艦的護送抵台灣之前，曾漂泊在英美各教會。上岸台灣島後，管風琴的第一站是東海大學體育館（另一台則送至台南神學院），而後因體育館整修、轉贈給太平境教會，才在1978年正式加入成為太平境教會做禮拜的固定班底。
下次到太平境馬雅各紀念教會做禮拜時，記得不忘豎耳聽聽悠揚的管風琴音、抬頭看看尖聳的純白鐘塔、乃至走出禮拜堂逛逛周遭的湯德章紀念公園與台南市消防史料館。
參考資料：
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