1868年，由英国长老会第一位驻台湾宣教师马雅各（Dr. James Laidlaw Maxwell MD）医生创立的太平境教会，全名是太平境马雅各纪念教会、也曾一度被唤作「亭仔脚礼拜堂」。教会邻近汤德章纪念公园、原台南测候所正对面，为台湾最早的基督教长老会之一。
鲜为人知的是，马雅各创办的「教会」落脚台南市中西区公园路六号现址以前，曾经历多次漂泊。
时间推回1865年，马雅各从英国奉派到台湾传教、选定了台湾府城作为英国长老教会在台湾传教的中心。当时的他，先在府城大西门外租屋，并在看西街设立医馆为人看病、礼拜堂传道。传道事工的推展并不如教会所想——当时的府城对西方文化充满敌意，马雅各甚至被指控为「挖眼取心」的异教徒。不到一个月，便因为民风保守，马雅各与助手被迫撤退到由英国领事保护的旗后地区传道医病，于焉有了现在的旗后教会。
马雅各在旗后服务的时间里，旗后教会逐渐发展成为南部宣教中心。然而，他似是仍心念着要回府城。3年后、1868年，旗后的礼拜堂宣教师李庥牧师夫妇负责；同年12月底，马雅各回到府城，分别在二老口（现北门路博爱派出所附近）和亭仔脚（现青年路）重起炉灶地开设医馆和礼拜堂。
其中，亭仔脚礼拜堂便是今天太平境教会的前身。
后来的十多年，信徒日渐增加，原来的拜堂空间已不敷使用。到了1896年，教会购买亭仔脚礼拜堂旁边的两间厝，计画扩建礼拜空间。然而，计画再度不如预期——当时的日本殖民政府因都市规划需要拓宽邻近的清水町，使得教堂其中三分之一的土地被拆除。取而代之的是，日本殖民政府补偿位于警察局旁边的新用地给教会。
土地重新取得，加上教会执事与信徒的奉献，终于筹措得新建礼拜堂的资金，于现址兴建太平境马雅各纪念教会。由于教会前有一条大沟，于是一开始被称为「沟仔底拜堂」；「太平境」一名最早可溯源到台南「联境组织」中的「太平境土地公庙」，土地庙前的路叫「太平境街」，同一条路上的沟仔底拜堂也因此又被称做太平境街礼拜堂或太平境礼拜堂。「马雅各纪念教会」则是英国母会赠送纪念碑碑名，纪念马雅各与该教会在台湾宣教的贡献。
1902年落成的太平境教会，到了1954年又历经一次改建，才变成现在我们在公园路上看到的白色钟塔。
第二代的太平境教会由当时台湾省立工学院（今国立成功大学）建筑工程学系副教授彭佐治设计。彭教授所设计的教堂为一以现代主义建筑手法来表达传统哥德教堂意象：格局采用古罗马巴西利卡的长方型建筑形式；教堂主堂上方筑有高达18公尺的钟塔，塔身窗户采细长五角型，并以十字架作为窗框的主轴，与三角的屋脊堆叠出层次，呼应着哥德式建筑尖塔、尖拱、垂直性量体的特征。
太平境教会的建筑设计将钟楼与尖塔合一、钟置于建筑最顶层，不同于普遍教会的钟楼通常位于教堂正前方或侧面，使得教堂进行礼拜时，钟声便会在上方悠然响起。值得一提的是，同样位于汤德章纪念公园附近的消防局（今台南市消防史料馆）「御大典纪念塔」跟太平境教会的钟塔一样有六层楼高。
教会的设计巧思，呼应着城市的建成空间纹理。
除了建筑外观的高耸尖塔外，隐身在尖塔背面、位于教堂二楼的管风琴，是台湾最早的两台管风琴之一。该座管风琴的近2000只音管由工匠手工打造而成，直到1960年代，被美国海军军舰的护送抵台湾之前，曾漂泊在英美各教会。上岸台湾岛后，管风琴的第一站是东海大学体育馆（另一台则送至台南神学院），而后因体育馆整修、转赠给太平境教会，才在1978年正式加入成为太平境教会做礼拜的固定班底。
下次到太平境马雅各纪念教会做礼拜时，记得不忘竖耳听听悠扬的管风琴音、抬头看看尖耸的纯白钟塔、乃至走出礼拜堂逛逛周遭的汤德章纪念公园与台南市消防史料馆。
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